Si l'actuelle Franche-Comté a été peuplée de longue date (vers 40.000 ans avant J.C.) comme en témoignent les vestiges d'outillage retrouvés dans les grottes ou dans les plaines de la Saône, il faut attendre l'âge des métaux et, en particulier, l'âge du fer pour trouver à l'emplacement de CHAUSSIN ou dans ses environs, les premières traces indéniables d'une occupation humaine, à savoir :
Cette période de La Tène, vers 400 avant J.C., correspond à l'installation de la civilisation celtique, divisée en plusieurs peuples dont les Séquanes qui occupaient la région qui nous intéresse.
Compte-tenu de la rareté des trouvailles, il est difficile de préciser la nature des installations séquanes : on sait néanmoins que les habitats apparaissent dans les régions basses : vallées du Doubs, de la Saône et de la Loue sous forme d'oppida : villages clos d'une palissade et entourés de fossés : CHAUSSIN devait vraisemblablement présenter un tel aspect.
L'agriculture était la ressource principale, la société rurale était dominée par une aristocratie de grands propriétaires guerriers ; la masse du peuple était composée de paysans libres assez misérables.
La première intervention romaine remonte à 58 lorsque les Séquanes firent appel à Jules-César afin qu'il les aide à se libérer de l'occupation des germains d'Arioviste.
Mais, c'est à partir de 52 que le pays des Séquanes tombera, comme toute la Gaule, sous la domination romaine et le restera pendant tout l'empire (476). CHAUSSIN et ses environs n'ont pas été très influencés par la présence romaine, malgré la proximité de la grande voie Dôle-Chalon. Il n'existe aucune ruine, ni aucune trace au sol mais de nombreux objets ont été découverts : pièces d'argent ou de bronze à l'effigie des empereurs, poteries, fragments de colonnes, de conduites en terre, de meules, de mosaïques. La plupart de ces trouvailles ont été réalisées à Asnans où se dressait à cette époque une villa gallo-romaine.
Voici ce que rapportait, au siècle dernier, Monsieur Désiré MONNIER : "Le pavé mosaïque et l'aqueduc découverts le 11 mai 1824, chez Monsieur Etienne FLUCHON sont également de la période romaine. Le pavé existe sous un lit de la chambre du poêle, mais comme il est couvert d'un carrelage de briques et engagé sous l'angle de la maison on n'a pu en prendre les mesures générales, seulement on voit qu'il présente une espèce d'échiquier à carreaux blancs et gris de neuf pouces six lignes sur toute face et composés d'environ 440 petits cubes de pierre chacun.
Quant à l'aqueduc, il est enfoncé de six pieds au-dessous du niveau du jardin dont le sol est mêlé de tuileaux et de pierres. Le fond du canal, d'un pied d'épaisseur repose sur un pavé avec du mortier, ses parois sont épaisses de sept à neuf pouces... A l'extrémité méridionale, il sort des fondations d'un mur ; à l'autre bout, il a dû être coupé par la grand'rue qui est plus basse que le jardin. On ne sait où il prenait l'eau, on ne sait où il la portait. Que ce soit à un temple (?) ou bien au domicile d'un riche particulier, c'est ce que nous ignorons aussi."
Monsieur Armand MARQUISET (Statistique historique de l'arrondissement de Dole - 1841) fait état, quelques années après, de la découverte au même endroit "d'une nouvelle mosaïque d'une belle conservation et qui paraît d'une dimension extraordinaire ; une partie de cette mosaïque, débarrassée en notre présence de la terre qui la recouvrait, nous a montré un joli dessin de trois ou quatre sortes de couleurs bien assorties et d'un excellent effet. De toutes ces découvertes, il faut conclure qu'il existait sur l'emplacement même d'Asnans, quelques villas bâties et habitées par les Romains".
Malheureusement, aucune trace de ces constructions n'est visible aujourd'hui, ni directement sur le terrain, ni par la photographie aérienne. Quant à la mosaïque dont parle Monsieur MARQUISET, elle a aujourd'hui disparu.
C'est une période de transition entre l'Antiquité Romaine et le Moyen-Age. Elle succède à la phase des grandes invasions qui ont mis fin à l'Empire Romain. La province, de par sa situation géographique sera l'une des premières à subir les grandes invasions : Francs - Burgondes - Vandales. Après avoir fait partie du Royaume Burgonde (fin du Ve, début du VIe Siècle), notre région tombe aux mains des Francs (Mérovingiens) en 534. Comme nous possédons fort peu de documents écrits de cette période, les renseignements fournis par l'archéologie sont très précieux. Toutefois, les découvertes ont été jusque là, à peu près uniquement funéraires, aucun habitat n'ayant été fouillé dans la région. En ce qui concerne CHAUSSIN, les vestiges de cette époque sont nombreux. Voici ce que rapporte ROUSSET (Dictionnaire des communes - 1854).
Désiré MONNIER rapporte, également, ceci : "Les sarcophages ne manquent pas dans cette terre antique ; on en a retrouvé beaucoup du côté de Neublans, avec des ossements, des glaives, des fioles. Mesdames PIFFOND conservent dans la basse cour de leur maison de CHAUSSIN, un cercueil qui provient de la Petite-Fin sous Asnans et qui renfermait la charpente osseuse d'un guerrier". Malheureusement, encore une fois, il ne reste rien de ces précieuses découvertes. La fin du siècle allait permettre de réaliser d'autres découvertes importantes.
Par l'abondance et la nature de son mobilier (en plus des armes, il faut citer des pièces de fermoir, des fibules, des boucles de ceinturons, un mors de cheval, un collier, un bijou en or). Le site de CHAUSSIN est exceptionnel parmi les cimetières de la même époque (Ve - VIIe Siècles) de notre région.
Il semblerait que l'on ait affaire aux inhumations d'un groupe franc dont l'habitat devait être installé non loin de là.
Dans la seigneurie, la CITE de CHAUSSIN était bien entendu la plus importante. Ses limites étaient cependant réduites, par rapport aux limites actuelles. Elle était divisée en deux parties :